Peshawar pernah dikuasai oleh Indo-Iran dan Elamo-Dravidia. Ia ada kaitan dengan Tamadun Harappa di lembah Sungai Indus. Ramai penduduknya terdiri daripada suku Pakhtun dan kawasan ini kadangkala dikenali sebagai 'Pakhtunistan'. Perselisihan antara Afghanistan dan Pakhtunistan ini terhenti apabila berlaku pencerobohan Soviet Union di Afghanistan.Hampir 4 juta pelarian Afghanistan berada Pakistan.

Peshawar pernah dijajah oleh Baktria-Greek Raja Eucratides (c. 170 - c. 159 SM). Kemudian dikuasai kerajaan Gandhara di bawah raja Kaniska. Peshawar menjadi pusat belajar agama Buddha. Terdapat sebuah stupa / candi Buddha di Peshawar yang menyerupai stupa di Mandalay,Myanmar. Catatan pendeta Faxian dari China pada 400 menyatakan terdapat stupa setinggi 120 meter. Penyelidik Dr DB Spooner pada 1909 menyatakan stuoa itu dalam bentuk salib dengan diameter 87 meter.